Vào cuối Chiến tranh thế giới thứ hai, các nhà khoa học thuộc Đơn vị 731 đã sử dụng thuốc nổ phá hủy hầu hết bằng chứng của chương trình. Tuy nhiên, một số động vật thử nghiệm bị nhiễm bệnh đã được thả ra gây bệnh dịch hạch cho khoảng 30.000 người tại Bình Phòng (Cáp Nhĩ Tân) trong vòng 3 năm đầu tiên sau chiến tranh.[1]

Sau khi Nhật Bản đầu hàng, Mỹ bắt đầu cảm thấy hứng thú với những “thí nghiệm” của Đơn vị 731. Để đổi lấy thông tin, chính quyền Mỹ đã chôn vùi tội ác của Đơn vị 731 đồng thời miễn truy cứu trách nhiệm đối với tướng Ishiiro cùng với những kẻ liên quan bất chấp sự phản đối của Liên Xô. Tướng Shiro Ishii qua đời trong yên bình ở tuổi 67. Nhiều nhà khoa học tham gia Đơn vị 731 đã có những sự nghiệp nổi bật về chính trị, học thuật, kinh doanh và y tế.[1]

Đến thập niên 1950, khi Giáo sư Nhật Bản Tsuneishi Keiichi, người đã nghiên cứu rất nhiều về vấn đề này thuyết phục được nhà văn Morimura Seiichi viết cuốn sách tựa đề “The Devils gluttony” (Quỷ dữ háu đói), sự thật mới được phơi bày. Liên Xô cũng mở một phiên tòa xét xử tội ác chiến tranh để đáp trả việc rất nhiều người Nga trở thành nạn nhân nghiên cứu của Đơn vị 731. Phiên tòa tội ác chiến tranh Khabarovsk năm 1949 buộc tội tất cả 8 nhà nghiên cứu Nhật Bản và 4 quân nhân và kết án họ làm việc trong các trại lao động Liên Xô trong 2 đến 5 năm. Là một phần của thỏa hiệp chính trị, các tù nhân Nhật Bản còn lại đã được thả ra và trở về Nhật Bản vào năm 1956.[1]